2039年9月，一种名为“XINN”的电脑病毒在纽约爆发，迅速控制了全球联网终端。与此同时，在东京，事件发生后，帝国国家安全调查局特别情报部（帝国情报）——一个官方情报机构——委托擅长暗杀的帝国情报部第13分队刺杀商人“马西·斯佩克特”。该分队的特工“御子神薰”成功刺杀了马西，但帝国情报部随后又再次委托他执行刺杀任务。随着与XINN和马西相关的事件不断发生，御子神薰也逐渐接近真相。